Abstrakt
Technologia sekwencjonowania nowej generacji (NGS – ang. next generation sequencing) jest uniwersalnym narzędziem biologii molekularnej. Jest wykorzystywana do sekwencjonowania genomów i transkryptomów, badania interakcji białko–DNA/RNA, sprawdzania stopnia metylacji oraz do badań metagenomowych. Umożliwia analizę różnych fragmentów DNA reprezentowanych przez wiele kopii w trakcie trwania jednej reakcji, przygotowania biblioteki, a następnie uzyskania gigabaz genomowych z jednego sekwencjonowania. Dzięki temu zwiększona zostaje nie tylko liczba badanych prób, ale także wiarygodność otrzymanych wyników sekwencjonowania. Jest to szczególnie cenne, jeżeli zróżnicowanie między określonymi genotypami jest niewielkie. Koszty oraz czas przeprowadzania reakcji sekwencjonowania w przeliczeniu na jednostkę uzyskanej informacji są wielokrotnie niższe w porównaniu z kosztami analiz prowadzonych z wykorzystywanym dotychczas sekwenatorem kapilarnym. Zastosowanie technologii NGS jest szczególnie przydatne w poznaniu nowych polimorfizmów pojedynczych nukleotydów (SNP) oraz innych wariantów zmienności, np. indeli. Szczegółowa analiza bioinformatyczna wyników umożliwi poznanie zróżnicowania genetycznego roślin w obrębie jednego gatunku, dokładniejsze mapowanie cech ilościowych oraz właściwą identyfikację taksonomiczną obiektów i przypisanie ich do określonego rodzaju, co jest bardzo istotne w kolekcjach banków genów.
Bibliografia
- Ashelford K., Eriksson M.E., Allen C.M., D’Amore R., Johansson M., Gould P., Kay S., 2011. Full genome re-sequencing reveals a novel circadian clock mutation in Arabidopsis. Genome Biol. 12, R28.
- Baird N., Etter P., Atwood T., 2008. Rapid SNP Discovery and Genetic Mapping Using Sequenced RAD Markers. PLoS ONE, 3.
- Brown T.A., 2001. Genomy. Wyd. Nauk. PWN, Warszawa, 60–70.
- Davey J.W., Blaxter M.L., 2010. RADSeq: next-generation population genetics. Brief Funct Genomics. 9(5–6), 416–423.
- Edwards D., Batley J., 2010. Plant genome sequencing – applications for crop improvement. Plant Biotechnol. J. 8, 2–9.
- Egan A.N., Schlueter J., Spooner D.M., 2012. Applications of next-generation sequencing in plant biology. Am. J. Bot. 99, 2175–2185.
- Franca L.T.C., Carrilho E., Kist T.B.L., 2002. A review of DNA sequencing techniques. Q. Rev. biophys. 35,169–200.
- Ginolhac A., Vilstrup J., Stenderup J., Rasmussen M., Stiller M., Shapiro B., Zazula G., Froese D., Steinmann K.E., Thompson J.F., AL-Rasheid K.A.S., Gilbert T.M.P., Willerslev E., Orlando L., 2012. Improving the performance of true single molecule sequencing for ancient DNA. BMC Genomics 13, 177.
- Hamilton J.P., Buell R., 2012. Advences in plant genome sequencing. High-Resolution Measurements In Plant Biology. Plant J. 70, 177–190.
- Howden B.P., McEvoy C.R.E., Allen D.L., Chua K., Gao W., Harrison P.F., Bell J.,Coombs G., Bennett-Wood V., Porter J.L., Robins-Browne R., Davies J.K., Seemann T., Stinear T.P., 2011. Evolution of multidrug resistance during Staphylococcus aureus infection involves mutation of the essential two component regulator WalKR. PLoS Pathogens 7, e1002359.
- Illumina, http://www.illumina.com.
- Jiao Y., Peluso P., Shi J., Liang T., Stitzer M.C., Wang B., Campbell M.S., Stein J.C., Wei X., Chin Ch.S., Guill K., Regulski M., Kumari S., Olson A., Gent J., Schneider K.L., Wolfgruber T.K., Maja M.R., Springer N.M., Antoniou E., McCombie W.R., Preston G.G., McMullen M., Ross-Ibarra J., Dawe B.K., 2017. Improved maize reference genome with single-molecule technologies. Nature 10, 1038.
- Kotowska M., Zakrzewska-Czerwinska J., 2010. Kurs szybkiego czytania DNA – nowoczesne techniki sekwencjonowania. Biotechnologia 4(91), 24–38.
- Levene M.J., Korlach J., Turner S.W., Foquet M., Craighead H.G., Webb W.W., 2003. Zero-mode waveguides for single-molecule analysis at high concentration. Science 299, 682–686.
- Lin X., Kaul S., Rounsley S., 1999. Sequence and analysis of chromosome 2 of the plant Arabidopsis thaliana. Nature 402, 761–768.
- McCouch S.R., McNally K.L., Wang W., Hamilton R.S., 2012. Genomics of gene banks: A case study in rice. Am. J. Bot. 99, 407–423.
- Margulies M., Michael E., William E.A., 2005. Genome sequencing in microfabricated highdensity picolitre reactors. Nature 437, 376–380.
- Newman T., De Bruijn F.J., Green P., 1994. Genes galore: a summary of methods for accesing results from large-scale partial sequencing of anonymous Arabidopsis cDNA clones. Plant Physiol. 106, 1241–1255.
- Orlando L., Ginolhac A., Raghavan M., Vilstrup J., Rasmussen M., Magnussen K., Steinmann K.E., Kapranov P., Thompson J.F., Zazula G., Froese D., Moltke I., Shapiro B., Hofreiter M., AlRasheid K.A.S., Gilbert T.M.P., Willerslev E., 2011. True Single-Molecule DNA Sequencing of a Pleistocene Horse Bone. Genome Res. 10, 1705–1719.
- Orłowska M., Sobczyk M., 2017. Metody sekwencjonowania nowej generacji oraz ich wykorzystanie w genetyce, hodowli i biotechnologii roślin. Aparat. Bad. Dydakt. 22(1), 54–61.
- Oxford Nanopore Technologies, http://www.nanoporetech.com.
- Oxford Nanopore Technologies (MinION), http://www.nanoporetech.com/products/minion.
- Pennisi E., 2010. Semiconductors inspire new sequencing technologies. Science 327, 1190.
- Przybecki Z., Wóycicki R., Malepszy S., 2009. Sekrety ogórka nareszcie ujawnione – genom ogórka zsekwencjonowany. Post. Biol. Kom. 39,19–31.
- Rothberg J.M., Hinz W., Rearick T.M., Schultz J., Mileski W., Davey M., Leamon J.H. i in., 2011. An integrated semiconductor device enabling non-optical genome sequencing. Nature 475,
- –352.
- Sanger F., 2001. The Elary days of DNA sequences. Nat. Med. 3, 267–268.
- Sanger F., Nicklen S., Coulson A.R., 1977. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors. Proc. Nat. Acad. Sci. USA 74(12), 5463–5467.
- Scheffler B.E., Kuhn D.N., Motamayor J.C., Schnell R.J., 2009. Efforts towards sequencing the Cacao genome (Theobroma cacao). Plant Anim. Genomes Conf. XVII. San Diego, CA.
- Schnable P.S., Ware D., Fulton R.S., 2009. The B73 maize genome: complexity, diversity and dynamics. Science 326, 1112–1115.
- Seqll, http://www.seqll.com.
- Swaminathan K., Varala K., Moose S.P., Rokhsar D., Ming R., Hudson M.E., 2009. A genome survey of Miscanthus × Giganteus. Plant Anim. Genomes Conf. XVII. San Diego, CA. Shulaev V., Sargent D.J., Crowhurst R.N., Mockler T.C., Folkerts O., Delcher A.L., Jaiswal P., 2011. The genome of woodland strawberry (Fragaria vesca). Nat. Genet. 43, 109–116.
- Thompson J.F., Milos P.M., 2011. The properties and applications of single-molecule DNA sequencing. Genome Biol. 12, 217.
- Wicker T., Schlagenhauf E., Graner A., Close T.J., Keller B., Stein N., 2006. 454 Sequencing put to the test using the complex genome of barley. BMC Genomics 7, 275.
- Whitelaw C.A., Barbazuk W.B., Pertea G., 2003. Enrichment of gene-coding sequences in maize by genome filtration. Science 302, 2118–2120.
- Yu J., Hu S., Wang J., 2002. A draft sequence of rice genome (Oryza sativa L. ssp. indica). Science 296, 79–92.
Downloads
Download data is not yet available.
-
KRZYSZTOF KOWALCZYK,
ANGELIKA JARUGA,
MAGDALENA ZAPALSKA,
Porównanie wydajności metod izolacji DNA z igieł i drewna modrzewia europejskiego (Larix decidua Mill.)
,
Agronomy Science: Tom 73 Nr 2 (2018)
-
SYLWIA OKOŃ,
PRZEMYSŁAW MATYSIK,
ZYGMUNT NITA,
ANDRZEJ BICHOŃSKI,
KRZYSZTOF RUBRYCKI,
URSZULA WOŹNA-PAWLAK,
KRZYSZTOF KOWALCZYK,
Identyfikacja genu Lr 19 odporności na rdzę brunatną w polskich liniach pszenicy zwyczajnej (Triticum aestivum L.)
,
Agronomy Science: Tom 67 Nr 3 (2012)
-
BARBARA HELENA SAWICKA,
Wspomnienie. Profesor dr hab. Mieczysław Wilczek (1940–2019)
,
Agronomy Science: Tom 74 Nr 3 (2019)
-
SYLWIA RÓG,
EDYTA PACZOS-GRZĘDA,
ANETA KOROLUK,
SYLWIA OKOŃ,
AGNIESZKA OSTROWSKA,
PATRYCJA ERDZIK,
MARIA CHRZĄSTEK,
DANIELA GRUSZECKA,
KRZYSZTOF KOWALCZYK,
Efektywność genów odporności na rdzę koronową u owsa zwyczajnego w stosunku do patotypów Puccinia coronata występujących w centralnej i południowo-wschodniej Polsce w latach 2010-2011
,
Agronomy Science: Tom 70 Nr 2 (2015)
-
BARBARA SKIBOWSKA,
KAMILLA KUŻDOWICZ,
KATARZYNA FRANKE,
MAŁGORZATA MALICKA,
Poszukiwanie genotypów odpornych na Cercospora beticola Sacc. w wielonasiennych materiałach hodowlanych buraka cukrowego
,
Agronomy Science: Tom 73 Nr 4 (2018)
-
JERZY H. CZEMBOR,
GRZEGORZ GRYZIAK,
MARCIN ZACZYŃSKI,
MARTA PUCHTA,
ELŻBIETA CZEMBOR,
Gromadzenie i zachowanie zasobów genowych roślin użytkowych w Polsce – artykuł przeglądowy Część 2. Przechowywanie zasobów genowych w formie nasion, prowadzenie herbarium, baz danych i udostępnianie zasobów genowych
,
Agronomy Science: Tom 72 Nr 4 (2017)
-
AGNIESZKA JAMIOŁKOWSKA,
BEATA HETMAN,
BARBARA SKWARYŁO-BEDNARZ,
MAREK KOPACKI,
Integrowana ochrona roślin w Polsce i Unii Europejskiej oraz prawne podstawy jej funkcjonowania. Praca przeglądowa
,
Agronomy Science: Tom 72 Nr 1 (2017)
-
JERZY H. CZEMBOR,
GRZEGORZ GRYZIAK,
MARCIN ZACZYŃSKI,
MARTA PUCHTA,
ELŻBIETA CZEMBOR,
Gromadzenie i zachowanie zasobów genowych roślin użytkowych w Polsce – artykuł przeglądowy Część 1. Gromadzenie zasobów genowych roślin użytkowych w trakcie ekspedycji krajowych i zagranicznych
,
Agronomy Science: Tom 72 Nr 4 (2017)
-
ANNA TRATWAL,
FELICYTA WALCZAK,
Występowanie ważnych gospodarczo chorób pszenicy ozimej w Polsce w latach 2006–2010
,
Agronomy Science: Tom 67 Nr 2 (2012)
-
ALEKSANDRA GOGÓŁ,
JUSTYNA LEŚNIOWSKA-NOWAK,
MICHAŁ NOWAK,
SYLWIA OKOŃ,
KRZYSZTOF KOWALCZYK,
Opracowanie multiplex PCR do detekcji genów odporności Lr21 i Pm4b w pszenicy zwyczajnej (Triticum aestivum L.)
,
Agronomy Science: Tom 70 Nr 3 (2015)
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 > >>
Możesz również Rozpocznij zaawansowane wyszukiwanie podobieństw dla tego artykułu.