Porównanie wydajności metod izolacji DNA  z igieł i drewna modrzewia europejskiego (Larix decidua Mill.)

KRZYSZTOF KOWALCZYK; ANGELIKA JARUGA; MAGDALENA ZAPALSKA

doi:10.24326/asx.2018.2.3

Tom 73 Nr 2 (2018)

Artykuły

Porównanie wydajności metod izolacji DNA z igieł i drewna modrzewia europejskiego (Larix decidua Mill.)

KRZYSZTOF KOWALCZYK⁺⁻
ANGELIKA JARUGA⁺⁻
MAGDALENA ZAPALSKA⁺⁻

pdf

DOI: https://doi.org/10.24326/asx.2018.2.3
Przesłane: 28 grudnia 2018
Opublikowane: 29-07-2018

Abstrakt

Izolacja DNA jest często pierwszym etapem w analizach molekularnych drzew. Celem pracy było porównanie wydajności sześciu wybranych metod izolacji DNA z materiału wyjściowego, który stanowiły igły modrzewia europejskiego zebrane na początku oraz pod koniec okresu wegetacyjnego (w kwietniu i we wrześniu), a także drewno bielaste i twardzielowe. Stężenie i czystość wyizolowanych preparatów DNA poddano ocenie spektrofotometrycznej. Po przeanalizowaniu wyników wybrano najlepsze (spośród testowanych) metody do izolacji DNA z igieł modrzewia oraz drewna bielastego. Testowane metody nie pozwoliły na wyizolowanie dobrze oczyszczonego DNA z drewna twardzielowego.

Bibliografia

Chałupka W., Barzdajn W., Blonkowski S., Burczyk J., Wojciech F., Grądzki T., Gryzło Z., Kacprzak P., Kowalczyk J., Kozioł C., Matras J., Pytko T., Rzońca Z., Sabor J., Szeląg Z., Tarasiuk S., 2011. Program zachowania leśnych zasobów genowych i hodowli selekcyjnej drzew w Polsce na lata 2011–2035. CILP, Warszawa, 24–70.
Deshmukh V. P., Thakare P. V., Chaudhari U. S., Gawande P. A., 2007. A simple method for isolation of genomic DNA from fresh and dry leaves of Terminalia arjuna (Roxb.) Wight and Arnot. Electron. J. Biotechn. 10(3), 468–472.
Gryzińska M., Strachecka A., Borsuk G., 2013. Porównanie parametrów DNA określanych metodą spektrometrii UV-Vis przy 2 mm i 10 mm drodze przechodzenia wiązki światła przez kuwetę. ABiD 18, 55–59.
Jagielska A., 2008. Zastosowanie markerów genetycznych w identyfikacji gatunkowej modrzewia europejskiego (Larix decidua Mill.) i japońskiego (Larix kaempferi Sorg.) oraz ich mieszańców. Leś. Pr. Bad. 69(1), 21–25.
Keb-Llanes M., González G., Chi-Manzanero B., Infante D., 2002. A rapid and simple method for small-scale DNA extraction in Agavaceae and other tropical plants. Plant Mol. Biol. Rep. 20(3), 299–300.
Krzysik F., 1974. Nauka o drewnie. PWN, Warszawa, 41–94.
Novaes R. M. L., Rodrigues J. G., Lovato M. B., 2009. An efficient protocol for tissue sampling and DNA isolation from the stem bark of Leguminosae trees. Genet. Mol. Res. 8(1), 86–96.
Nowakowska J. A., Aniśko A., Bieniek J., Bodył M., Kantorowicz W., Klisz M., Kowalczyk J., Michalska Przyborowski J., Przybylski P., 2010. Metody identyfikacji drewna na podstawie analizy DNA dla potrzeb procesowych Straży Leśnej. Instytut Badawczy Leśnictwa, Zakład Hodowli Lasu i Genetyki Drzew Leśnych, Sękocin Stary, 4–7.
Nowakowska J.A., Pasternak T., 2014. Zastosowanie analiz DNA drewna w postępowaniu karnym. CILP. Publ. ORWLP w Bedoniu, 49–116.
Ostrowska E., Muralitharan M., Chandler S., Volker P., Hetherington S., Dunshea F., 1998. Optimizing conditions for DNA isolation from Pinus radiata. In Vitro Cell. Dev.-Pl. 34(2), 108–111.
Porebski S., Bailey L.G., Baum B.R., 1997. Modification of a CTAB DNA extraction protocol for plants containing high polysaccharide and polyphenol components. Plant Mol. Biol. Rep. 15(1), 8–15.
Sharma A.D., Gill P.K., Singh P., 2002. DNA isolation from dry and fresh samples of polysaccharide-rich plants. Plant Mol. Biol. Rep. 20(4), 415a–415f.
Słomski R., Jura J., Kalak R., Szlata M., Wolko Ł., Wolko B., Wielgus K., Kowalska K., 2004. Izolacja DNA. W: Przykłady analiz DNA. R. Słomski (red.). AR w Poznaniu, Poznań, 21–31.
Somma M., 2006. Extraction and purification of DNA. W: The Analysis of food samples for the presence of genetically modified organisms. M. Querci, M. Jermini, G.V.D. Eede (red.). Euro-pean Commission Joint Research Centre, Luxemburg, 1–18.
Surmiński J., 1986. Właściwości techniczne i możliwości użytkowania drewna modrzewia. W: Modrzewie Larix Mill. S. Białobok (red.). PWN, Warszawa, 563–567.
Tibbits J. F., McManus L. J., Spokevicius A. V., Bossinger G., 2006. A rapid method for tissue collection and high-throughput isolation of genomic DNA from mature trees. Plant Mol. Biol. Rep. 24(1), 81–91.
Tomanek J., 1997. Botanika leśna. PWRiL, Warszawa, 31–49.
Warner S.A.J., 1996. Genomic DNA isolation and lambda library construction. W: Plant gene isolation: principles and practice. G. Foster, D. Twell (red.). John Wiley & Sons Ltd, 56–62.
Wilkie S., 1997. Isolation of total genomic DNA. W: Plant. A Laboratory Manual, M.S. Clark (red.). Springer, Berlin, 3–14.
Ziegenhagen B., Guillemaut P., Scholz F., 1993. A procedure for mini-preparations of genomic DNA from needles of silver fir (Abies alba Mill.). Plant Mol. Biol. Rep. 11(2), 117–121.

Downloads

Download data is not yet available.

Słowa kluczowe

Larix decidua
izolacja DNA
drewno
igły

Prawa autorskie

Inne teksty tego samego autora

KAROLINA DUDZIAK, MAGDALENA SOZONIUK, KRZYSZTOF KOWALCZYK, MICHAŁ NOWAK, Cisgeneza jako perspektywa dla hodowli roślin. Praca przeglądowa , Agronomy Science: Tom 74 Nr 2 (2019)
SYLWIA OKOŃ, TOMASZ OCIEPA, EDYTA PACZOS-GRZĘDA, KRZYSZTOF KOWALCZYK, Analiza poziomu odporności polskich odmian owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) na mączniaka prawdziwego (Blumeria grami-nis DC. f. sp. avenae Em. Marchal.) , Agronomy Science: Tom 71 Nr 3 (2016)
MARTA WESOŁOWSKA-TROJANOWSKA, MARTA TOMCZYŃSKA-MLEKO, JAROSŁAW MAZURKIEWICZ, KRZYSZTOF KOWALCZYK, JUSTYNA LEŚNIOWSKA-NOWAK, MAŁGORZATA SZAFRANEK, SYLWIA RÓG, STANISŁAW MLEKO, Wybrane właściwości fizykochemiczne glutenu otrzymanego z nowych rodów pszenicy , Agronomy Science: Tom 69 Nr 4 (2014)
ALEKSANDRA GOGÓŁ, JUSTYNA LEŚNIOWSKA-NOWAK, MICHAŁ NOWAK, SYLWIA OKOŃ, KRZYSZTOF KOWALCZYK, Opracowanie multiplex PCR do detekcji genów odporności Lr21 i Pm4b w pszenicy zwyczajnej (Triticum aestivum L.) , Agronomy Science: Tom 70 Nr 3 (2015)
KAROLINA DUDZIAK, MICHAŁ NOWAK, KRZYSZTOF KOWALCZYK, Modyfikacje genetyczne szansą na poprawę najważniejszych cech jakościowych roślin zbożowych. Praca przeglądowa , Agronomy Science: Tom 71 Nr 3 (2016)
SYLWIA OKOŃ, PRZEMYSŁAW MATYSIK, ZYGMUNT NITA, ANDRZEJ BICHOŃSKI, KRZYSZTOF RUBRYCKI, URSZULA WOŹNA-PAWLAK, KRZYSZTOF KOWALCZYK, Identyfikacja genu Lr 19 odporności na rdzę brunatną w polskich liniach pszenicy zwyczajnej (Triticum aestivum L.) , Agronomy Science: Tom 67 Nr 3 (2012)
SYLWIA RÓG, EDYTA PACZOS-GRZĘDA, ANETA KOROLUK, SYLWIA OKOŃ, AGNIESZKA OSTROWSKA, PATRYCJA ERDZIK, MARIA CHRZĄSTEK, DANIELA GRUSZECKA, KRZYSZTOF KOWALCZYK, Efektywność genów odporności na rdzę koronową u owsa zwyczajnego w stosunku do patotypów Puccinia coronata występujących w centralnej i południowo-wschodniej Polsce w latach 2010-2011 , Agronomy Science: Tom 70 Nr 2 (2015)
SYLWIA OKOŃ, ELŻBIETA PODSTAWKA-CHMIELEWSKA, ALEKSANDRA NUCIA, JOANNA KURUS, TOMASZ OCIEPA, EDYTA PACZOS-GRZĘDA, KRZYSZTOF KOWALCZYK, Wpływ warunków siedliskowych oraz długotrwałego odłogowania na zmienność genetyczną przytulii czepnej (Galium aparine L.) , Agronomy Science: Tom 71 Nr 3 (2016)
KATARZYNA KRUK, MAGDALENA ZAPALSKA, TADEUSZ WĘGOREK, KRZYSZTOF KOWALCZYK, Ocena zróżnicowania genetycznego dwóch populacji sosny zwyczajnej (Pinus sylvestris L.) z okolic Puław , Agronomy Science: Tom 67 Nr 2 (2012)
Magdalena Sozoniuk, Krzysztof Kowalczyk, Genetycznie modyfikowane topole o zwiększonej odporności na stresy abiotyczne - najnowsze osiągnięcia. Praca przeglądowa. , Agronomy Science: Tom 77 Nr 3 (2022)

1 2 > >>

Podobne artykuły

JOANNA NOCEŃ, MARTA PUCHTA, JERZY H. CZEMBOR, Wykorzystanie nowoczesnych technologii sekwencjonowania DNA (NGS) w bankach genów i hodowli roślin. Praca przeglądowa , Agronomy Science: Tom 73 Nr 1 (2018)
AGNIESZKA GRĄDZIELEWSKA, Identyfikacja introgresji materiału genetycznego Dasypyrum villosum (L.) P. Candargy do żyta z zastosowaniem markerów molekularnych RAPD i STS , Agronomy Science: Tom 64 Nr 3 (2009)
Magdalena Dyduch-Siemińska, Szybki i efektywny protokół otrzymywania zróżnicowanych genetycznie regenerantów stewii (Stevia rebaudiana Bertoni) drogą pośredniej organo-genezy , Agronomy Science: Tom 76 Nr 4 (2021)
SYLWIA OKOŃ, PRZEMYSŁAW MATYSIK, ZYGMUNT NITA, ANDRZEJ BICHOŃSKI, KRZYSZTOF RUBRYCKI, URSZULA WOŹNA-PAWLAK, KRZYSZTOF KOWALCZYK, Identyfikacja genu Lr 19 odporności na rdzę brunatną w polskich liniach pszenicy zwyczajnej (Triticum aestivum L.) , Agronomy Science: Tom 67 Nr 3 (2012)
MAJA BOCZKOWSKA, ANNA RUCIŃSKA, MAŁGORZATA TARGOŃSKA-KARASEK, MARCIN OLSZAK, MACIEJ NIEDZIELSKI, MONIKA RAKOCZY-TROJANOWSKA, Starzenie się nasion – złożony problem banków genów. Praca przeglądowa , Agronomy Science: Tom 73 Nr 4 (2018)
PAULINA KĘSKA, SYLWIA OKOŃ, JOANNA STADNIK, Charakterystyka zróżnicowania genetycznego i identyfikacja genów Pm6 w nowych liniach hodowlanych pszenicy zwyczajnej za pomocą markerów DNA , Agronomy Science: Tom 70 Nr 4 (2015)
ALEKSANDRA GOGÓŁ, JUSTYNA LEŚNIOWSKA-NOWAK, MICHAŁ NOWAK, SYLWIA OKOŃ, KRZYSZTOF KOWALCZYK, Opracowanie multiplex PCR do detekcji genów odporności Lr21 i Pm4b w pszenicy zwyczajnej (Triticum aestivum L.) , Agronomy Science: Tom 70 Nr 3 (2015)
Agata Święciło, Anna Krzepiłko, Katarzyna Matyszczuk, Marta Sowińska, Biosensory i nanobiosensory – nowoczesne narzędzia w detekcji fitopatogenów , Agronomy Science: Tom 77 Nr 4 (2022)
KATARZYNA KRUK, MAGDALENA ZAPALSKA, TADEUSZ WĘGOREK, KRZYSZTOF KOWALCZYK, Ocena zróżnicowania genetycznego dwóch populacji sosny zwyczajnej (Pinus sylvestris L.) z okolic Puław , Agronomy Science: Tom 67 Nr 2 (2012)

Możesz również Rozpocznij zaawansowane wyszukiwanie podobieństw dla tego artykułu.

[1] Chałupka W., Barzdajn W., Blonkowski S., Burczyk J., Wojciech F., Grądzki T., Gryzło Z., Kacprzak P., Kowalczyk J., Kozioł C., Matras J., Pytko T., Rzońca Z., Sabor J., Szeląg Z., Tarasiuk S., 2011. Program zachowania leśnych zasobów genowych i hodowli selekcyjnej drzew w Polsce na lata 2011–2035. CILP, Warszawa, 24–70.

[2] Deshmukh V. P., Thakare P. V., Chaudhari U. S., Gawande P. A., 2007. A simple method for isolation of genomic DNA from fresh and dry leaves of Terminalia arjuna (Roxb.) Wight and Arnot. Electron. J. Biotechn. 10(3), 468–472.

[3] Gryzińska M., Strachecka A., Borsuk G., 2013. Porównanie parametrów DNA określanych metodą spektrometrii UV-Vis przy 2 mm i 10 mm drodze przechodzenia wiązki światła przez kuwetę. ABiD 18, 55–59.

[4] Jagielska A., 2008. Zastosowanie markerów genetycznych w identyfikacji gatunkowej modrzewia europejskiego (Larix decidua Mill.) i japońskiego (Larix kaempferi Sorg.) oraz ich mieszańców. Leś. Pr. Bad. 69(1), 21–25.

[5] Keb-Llanes M., González G., Chi-Manzanero B., Infante D., 2002. A rapid and simple method for small-scale DNA extraction in Agavaceae and other tropical plants. Plant Mol. Biol. Rep. 20(3), 299–300.

[6] Krzysik F., 1974. Nauka o drewnie. PWN, Warszawa, 41–94.

[7] Novaes R. M. L., Rodrigues J. G., Lovato M. B., 2009. An efficient protocol for tissue sampling and DNA isolation from the stem bark of Leguminosae trees. Genet. Mol. Res. 8(1), 86–96.

[8] Nowakowska J. A., Aniśko A., Bieniek J., Bodył M., Kantorowicz W., Klisz M., Kowalczyk J., Michalska Przyborowski J., Przybylski P., 2010. Metody identyfikacji drewna na podstawie analizy DNA dla potrzeb procesowych Straży Leśnej. Instytut Badawczy Leśnictwa, Zakład Hodowli Lasu i Genetyki Drzew Leśnych, Sękocin Stary, 4–7.

[9] Nowakowska J.A., Pasternak T., 2014. Zastosowanie analiz DNA drewna w postępowaniu karnym. CILP. Publ. ORWLP w Bedoniu, 49–116.

[10] Ostrowska E., Muralitharan M., Chandler S., Volker P., Hetherington S., Dunshea F., 1998. Optimizing conditions for DNA isolation from Pinus radiata. In Vitro Cell. Dev.-Pl. 34(2), 108–111.

[11] Porebski S., Bailey L.G., Baum B.R., 1997. Modification of a CTAB DNA extraction protocol for plants containing high polysaccharide and polyphenol components. Plant Mol. Biol. Rep. 15(1), 8–15.

[12] Sharma A.D., Gill P.K., Singh P., 2002. DNA isolation from dry and fresh samples of polysaccharide-rich plants. Plant Mol. Biol. Rep. 20(4), 415a–415f.

[13] Słomski R., Jura J., Kalak R., Szlata M., Wolko Ł., Wolko B., Wielgus K., Kowalska K., 2004. Izolacja DNA. W: Przykłady analiz DNA. R. Słomski (red.). AR w Poznaniu, Poznań, 21–31.

[14] Somma M., 2006. Extraction and purification of DNA. W: The Analysis of food samples for the presence of genetically modified organisms. M. Querci, M. Jermini, G.V.D. Eede (red.). Euro-pean Commission Joint Research Centre, Luxemburg, 1–18.

[15] Surmiński J., 1986. Właściwości techniczne i możliwości użytkowania drewna modrzewia. W: Modrzewie Larix Mill. S. Białobok (red.). PWN, Warszawa, 563–567.

[16] Tibbits J. F., McManus L. J., Spokevicius A. V., Bossinger G., 2006. A rapid method for tissue collection and high-throughput isolation of genomic DNA from mature trees. Plant Mol. Biol. Rep. 24(1), 81–91.

[17] Tomanek J., 1997. Botanika leśna. PWRiL, Warszawa, 31–49.

[18] Warner S.A.J., 1996. Genomic DNA isolation and lambda library construction. W: Plant gene isolation: principles and practice. G. Foster, D. Twell (red.). John Wiley & Sons Ltd, 56–62.

[19] Wilkie S., 1997. Isolation of total genomic DNA. W: Plant. A Laboratory Manual, M.S. Clark (red.). Springer, Berlin, 3–14.

[20] Ziegenhagen B., Guillemaut P., Scholz F., 1993. A procedure for mini-preparations of genomic DNA from needles of silver fir (Abies alba Mill.). Plant Mol. Biol. Rep. 11(2), 117–121.