Porównanie wydajności metod izolacji DNA  z igieł i drewna modrzewia europejskiego (Larix decidua Mill.)

KRZYSZTOF KOWALCZYK; ANGELIKA JARUGA; MAGDALENA ZAPALSKA

doi:10.24326/asx.2018.2.3

Tom 73 Nr 2 (2018)

Artykuły

Porównanie wydajności metod izolacji DNA z igieł i drewna modrzewia europejskiego (Larix decidua Mill.)

KRZYSZTOF KOWALCZYK⁺⁻
ANGELIKA JARUGA⁺⁻
MAGDALENA ZAPALSKA⁺⁻

pdf

DOI: https://doi.org/10.24326/asx.2018.2.3
Przesłane: 28 grudnia 2018
Opublikowane: 29-07-2018

Abstrakt

Izolacja DNA jest często pierwszym etapem w analizach molekularnych drzew. Celem pracy było porównanie wydajności sześciu wybranych metod izolacji DNA z materiału wyjściowego, który stanowiły igły modrzewia europejskiego zebrane na początku oraz pod koniec okresu wegetacyjnego (w kwietniu i we wrześniu), a także drewno bielaste i twardzielowe. Stężenie i czystość wyizolowanych preparatów DNA poddano ocenie spektrofotometrycznej. Po przeanalizowaniu wyników wybrano najlepsze (spośród testowanych) metody do izolacji DNA z igieł modrzewia oraz drewna bielastego. Testowane metody nie pozwoliły na wyizolowanie dobrze oczyszczonego DNA z drewna twardzielowego.

Bibliografia

Chałupka W., Barzdajn W., Blonkowski S., Burczyk J., Wojciech F., Grądzki T., Gryzło Z., Kacprzak P., Kowalczyk J., Kozioł C., Matras J., Pytko T., Rzońca Z., Sabor J., Szeląg Z., Tarasiuk S., 2011. Program zachowania leśnych zasobów genowych i hodowli selekcyjnej drzew w Polsce na lata 2011–2035. CILP, Warszawa, 24–70.
Deshmukh V. P., Thakare P. V., Chaudhari U. S., Gawande P. A., 2007. A simple method for isolation of genomic DNA from fresh and dry leaves of Terminalia arjuna (Roxb.) Wight and Arnot. Electron. J. Biotechn. 10(3), 468–472.
Gryzińska M., Strachecka A., Borsuk G., 2013. Porównanie parametrów DNA określanych metodą spektrometrii UV-Vis przy 2 mm i 10 mm drodze przechodzenia wiązki światła przez kuwetę. ABiD 18, 55–59.
Jagielska A., 2008. Zastosowanie markerów genetycznych w identyfikacji gatunkowej modrzewia europejskiego (Larix decidua Mill.) i japońskiego (Larix kaempferi Sorg.) oraz ich mieszańców. Leś. Pr. Bad. 69(1), 21–25.
Keb-Llanes M., González G., Chi-Manzanero B., Infante D., 2002. A rapid and simple method for small-scale DNA extraction in Agavaceae and other tropical plants. Plant Mol. Biol. Rep. 20(3), 299–300.
Krzysik F., 1974. Nauka o drewnie. PWN, Warszawa, 41–94.
Novaes R. M. L., Rodrigues J. G., Lovato M. B., 2009. An efficient protocol for tissue sampling and DNA isolation from the stem bark of Leguminosae trees. Genet. Mol. Res. 8(1), 86–96.
Nowakowska J. A., Aniśko A., Bieniek J., Bodył M., Kantorowicz W., Klisz M., Kowalczyk J., Michalska Przyborowski J., Przybylski P., 2010. Metody identyfikacji drewna na podstawie analizy DNA dla potrzeb procesowych Straży Leśnej. Instytut Badawczy Leśnictwa, Zakład Hodowli Lasu i Genetyki Drzew Leśnych, Sękocin Stary, 4–7.
Nowakowska J.A., Pasternak T., 2014. Zastosowanie analiz DNA drewna w postępowaniu karnym. CILP. Publ. ORWLP w Bedoniu, 49–116.
Ostrowska E., Muralitharan M., Chandler S., Volker P., Hetherington S., Dunshea F., 1998. Optimizing conditions for DNA isolation from Pinus radiata. In Vitro Cell. Dev.-Pl. 34(2), 108–111.
Porebski S., Bailey L.G., Baum B.R., 1997. Modification of a CTAB DNA extraction protocol for plants containing high polysaccharide and polyphenol components. Plant Mol. Biol. Rep. 15(1), 8–15.
Sharma A.D., Gill P.K., Singh P., 2002. DNA isolation from dry and fresh samples of polysaccharide-rich plants. Plant Mol. Biol. Rep. 20(4), 415a–415f.
Słomski R., Jura J., Kalak R., Szlata M., Wolko Ł., Wolko B., Wielgus K., Kowalska K., 2004. Izolacja DNA. W: Przykłady analiz DNA. R. Słomski (red.). AR w Poznaniu, Poznań, 21–31.
Somma M., 2006. Extraction and purification of DNA. W: The Analysis of food samples for the presence of genetically modified organisms. M. Querci, M. Jermini, G.V.D. Eede (red.). Euro-pean Commission Joint Research Centre, Luxemburg, 1–18.
Surmiński J., 1986. Właściwości techniczne i możliwości użytkowania drewna modrzewia. W: Modrzewie Larix Mill. S. Białobok (red.). PWN, Warszawa, 563–567.
Tibbits J. F., McManus L. J., Spokevicius A. V., Bossinger G., 2006. A rapid method for tissue collection and high-throughput isolation of genomic DNA from mature trees. Plant Mol. Biol. Rep. 24(1), 81–91.
Tomanek J., 1997. Botanika leśna. PWRiL, Warszawa, 31–49.
Warner S.A.J., 1996. Genomic DNA isolation and lambda library construction. W: Plant gene isolation: principles and practice. G. Foster, D. Twell (red.). John Wiley & Sons Ltd, 56–62.
Wilkie S., 1997. Isolation of total genomic DNA. W: Plant. A Laboratory Manual, M.S. Clark (red.). Springer, Berlin, 3–14.
Ziegenhagen B., Guillemaut P., Scholz F., 1993. A procedure for mini-preparations of genomic DNA from needles of silver fir (Abies alba Mill.). Plant Mol. Biol. Rep. 11(2), 117–121.