Comparison of the DNA extraction methods efficiency from needles and wood of European larch (Larix decidua Mill.)
KRZYSZTOF KOWALCZYK
Instytut Genetyki, Hodowli i Biotechnologii Roślin, Uniwersytet Przyrodniczy w Lublinie ul. Akademicka 15, 20-950 LublinANGELIKA JARUGA
Instytut Genetyki, Hodowli i Biotechnologii Roślin, Uniwersytet Przyrodniczy w Lublinie ul. Akademicka 15, 20-950 LublinMAGDALENA ZAPALSKA
Instytut Genetyki, Hodowli i Biotechnologii Roślin, Uniwersytet Przyrodniczy w Lublinie ul. Akademicka 15, 20-950 LublinAbstract
As DNA extraction is often the first step in molecular analyses of forest trees, the aim of this study was to assess the efficiency of six DNA isolation protocols. The research material consisted of European larch (Larix decidua Mill.) needles (collected in April and September) and wood (whitewood and heartwood separately). Analyses of DNA quantity and purity were conducted spectrophotometrically. Results of the analysis allowed to identify the best (out of all methods tested) DNA extraction protocols for larch needles and whitewood. DNA isolation methods used in this study were proved to be unsuitable for good quality DNA extraction from heartwood.
Keywords:
Larix decidua, DNA extraction, wood, needlesReferences
Chałupka W., Barzdajn W., Blonkowski S., Burczyk J., Wojciech F., Grądzki T., Gryzło Z., Kacprzak P., Kowalczyk J., Kozioł C., Matras J., Pytko T., Rzońca Z., Sabor J., Szeląg Z., Tarasiuk S., 2011. Program zachowania leśnych zasobów genowych i hodowli selekcyjnej drzew w Polsce na lata 2011–2035. CILP, Warszawa, 24–70.
Deshmukh V. P., Thakare P. V., Chaudhari U. S., Gawande P. A., 2007. A simple method for isolation of genomic DNA from fresh and dry leaves of Terminalia arjuna (Roxb.) Wight and Arnot. Electron. J. Biotechn. 10(3), 468–472.
Gryzińska M., Strachecka A., Borsuk G., 2013. Porównanie parametrów DNA określanych metodą spektrometrii UV-Vis przy 2 mm i 10 mm drodze przechodzenia wiązki światła przez kuwetę. ABiD 18, 55–59.
Jagielska A., 2008. Zastosowanie markerów genetycznych w identyfikacji gatunkowej modrzewia europejskiego (Larix decidua Mill.) i japońskiego (Larix kaempferi Sorg.) oraz ich mieszańców. Leś. Pr. Bad. 69(1), 21–25.
Keb-Llanes M., González G., Chi-Manzanero B., Infante D., 2002. A rapid and simple method for small-scale DNA extraction in Agavaceae and other tropical plants. Plant Mol. Biol. Rep. 20(3), 299–300.
Krzysik F., 1974. Nauka o drewnie. PWN, Warszawa, 41–94.
Novaes R. M. L., Rodrigues J. G., Lovato M. B., 2009. An efficient protocol for tissue sampling and DNA isolation from the stem bark of Leguminosae trees. Genet. Mol. Res. 8(1), 86–96.
Nowakowska J. A., Aniśko A., Bieniek J., Bodył M., Kantorowicz W., Klisz M., Kowalczyk J., Michalska Przyborowski J., Przybylski P., 2010. Metody identyfikacji drewna na podstawie analizy DNA dla potrzeb procesowych Straży Leśnej. Instytut Badawczy Leśnictwa, Zakład Hodowli Lasu i Genetyki Drzew Leśnych, Sękocin Stary, 4–7.
Nowakowska J.A., Pasternak T., 2014. Zastosowanie analiz DNA drewna w postępowaniu karnym. CILP. Publ. ORWLP w Bedoniu, 49–116.
Ostrowska E., Muralitharan M., Chandler S., Volker P., Hetherington S., Dunshea F., 1998. Optimizing conditions for DNA isolation from Pinus radiata. In Vitro Cell. Dev.-Pl. 34(2), 108–111.
Porebski S., Bailey L.G., Baum B.R., 1997. Modification of a CTAB DNA extraction protocol for plants containing high polysaccharide and polyphenol components. Plant Mol. Biol. Rep. 15(1), 8–15.
Sharma A.D., Gill P.K., Singh P., 2002. DNA isolation from dry and fresh samples of polysaccharide-rich plants. Plant Mol. Biol. Rep. 20(4), 415a–415f.
Słomski R., Jura J., Kalak R., Szlata M., Wolko Ł., Wolko B., Wielgus K., Kowalska K., 2004. Izolacja DNA. W: Przykłady analiz DNA. R. Słomski (red.). AR w Poznaniu, Poznań, 21–31.
Somma M., 2006. Extraction and purification of DNA. W: The Analysis of food samples for the presence of genetically modified organisms. M. Querci, M. Jermini, G.V.D. Eede (red.). Euro-pean Commission Joint Research Centre, Luxemburg, 1–18.
Surmiński J., 1986. Właściwości techniczne i możliwości użytkowania drewna modrzewia. W: Modrzewie Larix Mill. S. Białobok (red.). PWN, Warszawa, 563–567.
Tibbits J. F., McManus L. J., Spokevicius A. V., Bossinger G., 2006. A rapid method for tissue collection and high-throughput isolation of genomic DNA from mature trees. Plant Mol. Biol. Rep. 24(1), 81–91.
Tomanek J., 1997. Botanika leśna. PWRiL, Warszawa, 31–49.
Warner S.A.J., 1996. Genomic DNA isolation and lambda library construction. W: Plant gene isolation: principles and practice. G. Foster, D. Twell (red.). John Wiley & Sons Ltd, 56–62.
Wilkie S., 1997. Isolation of total genomic DNA. W: Plant. A Laboratory Manual, M.S. Clark (red.). Springer, Berlin, 3–14.
Ziegenhagen B., Guillemaut P., Scholz F., 1993. A procedure for mini-preparations of genomic DNA from needles of silver fir (Abies alba Mill.). Plant Mol. Biol. Rep. 11(2), 117–121.
Instytut Genetyki, Hodowli i Biotechnologii Roślin, Uniwersytet Przyrodniczy w Lublinie ul. Akademicka 15, 20-950 Lublin
Instytut Genetyki, Hodowli i Biotechnologii Roślin, Uniwersytet Przyrodniczy w Lublinie ul. Akademicka 15, 20-950 Lublin
Instytut Genetyki, Hodowli i Biotechnologii Roślin, Uniwersytet Przyrodniczy w Lublinie ul. Akademicka 15, 20-950 Lublin
License
Articles are made available under the conditions CC BY 4.0 (until 2020 under the conditions CC BY-NC-ND 4.0).
Submission of the paper implies that it has not been published previously, that it is not under consideration for publication elsewhere.
The author signs a statement of the originality of the work, the contribution of individuals, and source of funding.
Self-Archiving Policy
Agronomy Science has adopted a self-archiving policy called blue by the Sherpa Romeo database. From 2021 authors can self-archive article postprints and editorial versions (under the CC BY 4.0 licence). Articles from earlier years (available under the CC BY-NC-ND 4.0 licence) can only be self-archived as editorial versions.
